本发明提供一种晶舟结构、半导体热处理设备及其控制方法。其中，晶舟结构包括：固定支架，具有固定支撑部；调节机构，设置在固定支架上，调节机构具有多个可移动的辅助支撑部，调节机构具有第一状态和第二状态，在调节机构处于第一状态，至少两个辅助支撑部移动至与固定支撑部齐平的位置；在调节机构处于第二状态，仅有一个辅助支撑部移动至与固定支撑部齐平的位置，以使一个辅助支撑部与固定支撑部共同支撑同一晶圆。本发明的晶舟结构通过设置调节机构可以改变支撑晶圆的支撑点的数量，在使用时，可以根据工艺温度对晶圆支撑点的数量进行调整，从而在避免产生滑移缺陷，同时还可以避免颗粒划伤、污染的问题，提高工艺的良品率。